La historia cuenta la vida de Artemis Fowl, un chico de ojos azules de 12 años con cabello oscuro y sonrisa de vampiro, único heredero de la familia Fowl, que tiene el mayor coeficiente intelectual de Europa y una frialdad muy temerosa. Usa esa inteligencia fuera de lo común para fines muy poco nobles.
La historia comienza cuando Artemis descubre un mundo totalmente nuevo, el mundo de las Criaturas Mágicas. Por medios pocos ortodoxos, consigue robar el Libro de las Criaturas Mágicas, y así desvela su lenguaje peculiar, traduciendo el alfabeto de las Criaturas Mágicas (llamado Gnómico). Así, urde un plan para conseguir robar el oro de las Criaturas Mágicas, una fortuna realmente muy grande y muy bien guardada. Secuestra a una elfa llamada Holly Canija y pide el rescate. La Capitana Holly Canija forma parte de la PES, más específicamente de la brigada de Reconocimiento. A partir de ahí se desencadenan diversos acontecimientos, inesperados o no, y el final da pie a una continuación. Tras eso, Artemis ayuda las Criaturas Mágicas en la Revolución de los Goblins, quienes están usando artefactos humanos para dominar el mundo subterráneo. Al ayudarlos, se enfrenta a una enemiga formidable, Oppal Koboi, una duende muy inteligente. Artemis también necesita de la ayuda de la PES para salvar su padre, secuestrado dos años antes por la "Mafia Rusa" en el Ártico. A continuación crea un ordenador con tecnología mágica, cincuenta años más avanzado que el mejor ordenador del mundo, usando tecnología mágica. Jon Spiro, un empresario de éxito con conexiones con la Mafia, roba el ordenador, el Cubo B. Entonces nuevamente, Artemis pide ayuda a la Criaturas Mágicas para poder rescatar su ordenador y evitar que caiga en malas manos y destruya la civilización de las Criaturas Mágicas. Eso traerá graves consecuencias para Artemis, Holly y Juliet. Al final por ser un peligro para las Criaturas Mágicas, le realizan a Artemis una limpieza de memoria. Después, desacreditado por un posible evento "cauterizante" de la saga, continúa a partir del tercero y cuenta cómo la enemiga pública número uno del Mundo de las Criaturas Mágicas, Opal Koboi (que había encabezado la Revuelta de los Goblins descrita en el segundo libro), consigue liberarse, estando presa, a un estado de coma auto inducido en una clínica con máxima seguridad e iniciar su perfecto plan de venganza contra quienes estropearon su plan un año antes.Más tarde, Artemis y las Criaturas Mágicas (más bien la Sección Ocho) deben cooperar para juntos impedir que la raza mágica de los Demonios vuelva a la Tierra, tras años perdidos en el Limbo, un lugar fuera del tiempo, y que ahora amenazan volver para exterminar todos los humanos. Como elemento novedoso en la serie aparece el período convulso de la pubertad de Artemis y su interés por las chicas, principalmente por el nuevo personaje de Minerva Paradizo, otra niña-genio de catorce años de edad, y rival de Artemis Fowl. Al final, Artemis debe salvar a su madre de una enfermedad muy complicada para la cual solo hay una cura. La cura es un fluido del cerebro de un lémur que el mismo vendió en el mercado negro a la edad de 10 años. Ahora, con la ayuda do Holly, debe recuperar el lémur viajando en el tiempo y luchar con un rival nunca visto: El mismo. Se encontrara con Opal Koboi, desencadenando un problema en el mismo libro.